Το Τμήμα Ψηφιοποίησης Αρχείων έχει αρμοδιότητα σε θέματα σχετικά με την ψηφιοποίηση και αποθήκευση σε ψηφιακά μέσα των γραπτών, οπτικοακουστικών και κάθε άλλου είδους αρχειακού υλικού που παραδίδεται στην ΥΙΝ, με σκοπό τη διάσωση και διαφύλαξή τους στο διηνεκές. Στα πλαίσια του ΕΣΠΑ 2007-2013 εξοπλίστηκε με σύγχρονο εξοπλισμό πληροφορικής και ψηφιοποίησης για να ξεκινήσει το τεράστιο έργο του.
Στο Τμήμα Ψηφιοποίησης ανήκουν επίσης αρμοδιότητες σε σχέση με την διαχείριση και την εξασφάλιση της ομαλής λειτουργίας του εγκατεστημένου πληροφοριακού εξοπλισμού, την ανάδειξη των ψηφιακών αρχείων μέσω της δημοσίευσής τους στο Ιστοχώρο (PORTAL) ΥΙΝ αλλά και την παροχή
εργαλείων λογισμικού σε ιστορικούς για την τεκμηρίωση του αρχειακού υλικού.