Στα πλαίσια προώθησης και ολοκλήρωσης ενός μεγάλου εύρους εργασιών και ερευνών που άπτονται της Ναυτικής Ιστορίας σχετιζόμενα άμεσα με το Ελληνικό Πολεμικό Ναυτικό η Υπηρεσία Ιστορίας Ναυτικού συνεργάζεται με διάφορους φορείς οι οποίοι διαθέτουν ιστορικό αρχείο το οποίο κρίνεται ως αξιοποιήσιμο.
Πιο συγκεκριμένα τα τελευταία χρόνια η Υ.Ι.Ν και συγκεκριμένα το Τμήμα Ιστορικών Αρχείων συνεργάζεται με τον Δήμο Αθηναίων (Αρχείο Έντυπου Τύπου) αντλώντας πολύτιμες πληροφορίες από τις αρχές του 19ου αιώνα μέσω του ημερήσιου έντυπου τύπου της εποχής.
Η Υ.Ι.Ν αντλεί πληροφορίες επίσης που σχετίζονται με την δράση του Πολεμικού Ναυτικού από διάφορους οργανισμούς οι οποίοι διαθέτουν πλούσιο ιστορικό αρχειακό υλικό όπως τα Γενικά Αρχεία του Κράτους, Τράπεζες (Εθνική Τράπεζα, Τράπεζα Πειραιώς κ.α ) και λοιποί οργανισμοί ιδιωτικού ή δημοσίου δικαίου.
Ταυτόχρονα εκμεταλλευόμενη τις δομές και τα αρχεία των αντίστοιχων υπηρεσιών Ιστορίας του Στρατού Ξηράς και της Πολεμικής Αεροπορίας ανταλλάσει πληροφορίες και διασταυρώνει ιστορικά γεγονότα παραβάλλοντας δεδομένα από διαφορετικές πηγές εκμεταλλευόμενη το δόγμα διακλαδικότητας ακόμη και στο πεδίο της Στρατιωτικής Ιστορίας.
Αξίζει τέλος να αναφερθεί ότι η Υ.Ι.Ν αποτελεί μέλος της Ε.Ε.Σ.Ι (Ελληνικής Επιτροπής Στρατιωτικής Ιστορίας) αποτελώντας ισότιμο μέλος της επιτροπής στην οποία μετέχουν επίσης Πανεπιστήμια, Ανώτατα Εκπαιδευτικά Ιδρύματα κ.α