Τα τελευταία χρόνια η Υπηρεσία Ιστορίας Ναυτικού δραστηριοποιείται ενεργά στη προσπάθεια ανάδειξης των διαφόρων ναυαγίων πολεμικών πλοίων που βρίσκονται διάσπαρτα στον ελλαδικό θαλάσσιο χώρο.
Αξιοποιώντας πληροφορίες από το υφιστάμενο αρχειακό υλικό του Τμήματος Ιστορικών Αρχείων αλλά και δεδομένα από διάφορες πηγές (ιδιώτες ερευνητές, οργανισμοί, απλοί πολίτες, διαδίκτυο κ.α) η υπηρεσία πρωτοστατεί σε μια απαιτητική και επίπονη προσπάθεια για τον εντοπισμό, την ακριβή καταγραφή, την ιστορική τεκμηρίωση αλλά και ανάδειξη των εντοπισθέντων ναυαγίων.
Απώτερος στόχος αποτελεί η γενικότερη αξιοποίηση των καταγεγραμμένων ναυαγίων όπου αυτό είναι εφικτό καθώς και η ολοκλήρωση αυτής της προσπάθειας στο συντομότερο δυνατό διάστημα ταυτόχρονα με την εξέταση της δυνατότητας ανέλκυσης αριθμού αντικειμένων που κρίνονται σημαντικά από πλευράς ιστορικής αξίας.