Το αρχείο μικροφίλμ ευρίσκεται στο Τμήμα Μικροφωτογράφησης. Η μικροφωτογράφηση αποτελεί το πρώτο στάδιο “επεξεργασίας” των αρχείων μετά την αρχική τους παράδοση στην ΥΙΝ. Σήμερα η Υπηρεσία Ιστορίας Ναυτικού διαθέτει περί τις 11.500 μικροταινίες .
Η διαδικασία που ακολουθείται, αποτελείται από τα παρακάτω στάδια:
(1) Αποδεματοποίηση παραδοθέντος αρχείου και ενημέρωση καρτελών.
(2) Μικροφωτογράφηση αρχείου και αναπαραγωγή κάθε αντιτύπου.
(3) Εμφάνιση μικροταινιών, έλεγχος αυτών και διενέργεια των απαιτούμενων διορθώσεων προς διασφάλιση του υψηλότερου δυνατού βαθμού ποιότητας και πιστότητας, σύμφωνα με τα εν ισχύ πρότυπα.
(4) Σήμανση καρτελών – δέματος – μικροταινιών.
(5) Φύλαξη μικροταινιών εντός κατάλληλων φοριαμών.
(6) Δεματοποίηση και σφράγιση κάθε δέματος, με την ένδειξη «ΜΙΚΡΟΦΩΤΟΓΡΑΦΗΘΗΚΕ» πριν την τελική παράδοσή τους στο Γραφείο Αρχείων ΥΙΝ.
Επιπρόσθετα και κατόπιν συνεννόησης με το Τμήμα Ιστορικών Αρχείων, αναλαμβάνονται πρωτοβουλίες για:
Τη μη μικροφωτογράφηση παραληφθέντων αρχείων.
Τη διατήρηση αρχείων που κανονικά θα χαρακτηρίζονταν ως «Καταστρεπτέα» ή και την καταστροφή αρχείων, που κανονικά θα χαρακτηρίζονταν ως «Διατηρητέα». Η τελική παρέκκλιση εκτελείται, μετά από σχετική έγκριση του ΓΕΝ.